Diferencia clave: Quién es en realidad una contracción de "quién es". Básicamente, quién es acortado a quién es. Cuyo, por otro lado, es el posesivo de "quién". Sigue la regla similar a la de él, la de ella y la de ellos.
Una de las reglas generales en inglés establece que agregar un apóstrofe (s) a algo marca el posesivo, por ejemplo, el libro de Mary o la fiesta de John, ambos de los cuales infieren posesividad, es decir, el libro pertenece a Mary, y que la fiesta es siendo recibido por John. Seguir esta regla puede llevar a pensar que "quién es" es el posesivo de quién. Sin embargo, este no es el caso.
Quién es en realidad una contracción de "quién es". Básicamente, quién es acortado a quién es. Refleja los patrones de habla de los hablantes nativos, ya que rara vez enuncian quién y está por separado, que en cambio se amalgama a quién es.